Hay dos formas de desinstalarlo dependiendo de como se instalo la anterior versión:
1) Si lo habeis hecho desde el centro de software, usar synaptic, para desinstalar los paqueste de gambas3 que se hayan instalado.
Para instalar synaptic:
$sudo apt-get install synaptic
Luego en el menu Editar/Buscar/Gambas3 y obtendreis los paquetes relacionados con gambas3 que tendreis de desinstalar.
Ver este video para saber como usarlo...
2) Si lo habeis instalado con el script o compilandolo, con este script podeis desinstalar la versión anterior: script borrado version